Le laboratoire hospitalo-universitaire de virologie du CHU assure, dans le cadre de sa mission hospitalière (soins de proximité et de recours, expertises) le diagnostic et le suivi des infections virales humaines aigues ou chroniques.
Dans ce domaine, le service se répartit sur deux grands secteurs : la sérologie virale et la virologie moléculaire et cellulaire
En ce qui concerne le secteur de sérologie virale, il consiste principalement à l’activité de dépistage VIH, hépatites B et C, le diagnostic des autres hépatites virales (hépatites A et E) et rétrovirus (HTLVI/II), le diagnostic des infections aux herpesviridae (herpès, varicelle, EBV, CMV), et des infections dues aux virus de la rubéole, rougeole, parvovirus B19 et oreillons.
L’exploration de la réponse humorale des patients face au Covid ou en réaction à la vaccination fait maintenant également partie des analyses réalisées.
La majorité de ces analyses sont réalisées par immuno-analyse en chimioluminescence sur le plateau technique commun ou en technique ELISA par analyses semi-automatisées. Des techniques manuelles de confirmation comme le western-blot HIV-1/2 ou encore des techniques d’agglutination, des tests d’avidité ou de neutralisation sont également possibles.
Le secteur de virologie moléculaire et cellulaire virale, grâces aux techniques de PCR qualitative et quantitative au séquençage moléculaire par technique Sanger et haut débit (NGS) permet de faire le diagnostic d’infections virales aiguës (SARS-CoV-2, rotavirus, norovirus, sapovirus, …) mais également la quantification des génomes viraux utilisée pour le suivi des réactivations virales chez les patients immunodéprimés (CMV, EBV, VZV, HSV, ...).
L’équipe de virologie a également participé à la mise en place de centres de prélèvement d’urgence pour la Covid, au déploiement des tests antigéniques et au dépistage salivaire des écoles du secteur.
La mise en place de techniques multiplex permet également de détecter et d’identifier rapidement la présence de virus ou de bactéries sur un même prélèvement.
D’autre part, en période épidémique, des examens de biologie délocalisés ont été mis en place au service des urgences adultes et pédiatriques pour détecter la présence du virus de la grippe, du VRS ou encore du SARS-CoV-2.
Ce secteur, en collaboration avec la plateforme de séquençage du pôle de Biologie & Pathologie du CHUGA, réalise également le séquençage des zones génomiques rétro-transcriptase, protéase, intégrase, GP120 du VIH et NS3, NS5A et NS5B du VHC permettant de typer la souche virale majoritaire circulant chez le patient et d’identifier les mutations de résistance présentes.
Des techniques de criblage des mutations d’intérêt du SARS-CoV-2 sont réalisées quotidiennement sur les recommandations de la Direction Générale de la Santé.
Des séquençages du génome complet du SARS-CoV-2 par NGS sont également réalisés à visée épidémiologique, interventionnelle ou pour le suivi des échappements vaccinaux ou aux traitements de la Covid. Cette activité est réalisée en collaboration entre le laboratoire de Virologie, la plateforme de séquençage du pôle de Biologie & Pathologie du CHUGA et le pôle de Santé publique pour l’analyse des données obtenues, en s’appuyant sur un cluster de calcul mis à disposition par la Direction des Services Numériques. La Plateforme de Traitement de Données Omiques Médicales (PTDOM) concrétise cette collaboration transpolaire qui a notamment permis le suivi des variants du SARS-CoV- au sein du CHU.
L’ensemble de ces expertises permet la prise en charge des principales infections virales chez l’homme : VIH, hépatite virales, grippes et autres viroses respiratoires, encéphalites virales, infections virales chez la femme enceinte, infections virales de l'immunodéprimé, infections virales nosocomiales, génotypage viral et mise en évidence des résistances aux antiviraux. Il participe également grandement à la gestion des épidémies telles que la grippe, le VRS ou encore la COVID-19, les gastroentérites virales.
Pour chacun de ces thèmes, il existe un virologue réfèrent au sein du laboratoire que vous pouvez contacter directement (cf tableau ci-dessous). Les virologues référents, en fonction de leur domaine d’expertise, participent régulièrement aux Réunions de Concertations, Pluridisciplinaires au Centre Pluridisciplinaire de Diagnostic Prénatal du CHUGA, au réseaux nationaux (ANRS, COREVIH, ….) ou internationaux (International AIDS Vaccine Initiative, …).
Par ailleurs, la gestion de certaines activités urgentes (accident d’exposition au sang ; sécurisation virale des dons d’organes, hépatites fulminantes, infections virales émergentes hautement pathogènes) est assurée 24/24h et 7j/7 grâce à une astreinte en virologie (biologiste senior) en interaction avec l’astreinte d’infectiologie du CHUGA, l’Agence de la Biomédecine, l’Agence Régionale de Santé et Santé Publique France.
Le laboratoire de virologie s’inscrit également dans le processus qualité et est en cours d’accréditation auprès du COFRAC.
Les praticiens du service sont impliqués dans l’enseignement universitaire dans les filières médecine, pharmacie, maïeutique, masters (facultés de médecine, pharmacie, chimie-biologie) et dans les formations continues.
En lien avec l’Institut de Biologie Structurale et le groupe « Immunité, anticorps et pathologies infectieuses », les principaux axes de recherche du service sont autour de la découverte des anticorps neutralisant le VIH-1, capables de bloquer la réplication et la recherche d’un vaccin contre le VIH basé sur une réponse anticorps.
La mission universitaire du laboratoire (formation et recherche) est abordée par ailleurs : https://www.ibs.fr/recherche/groupes-de-recherche/groupe-complement-anticorps-maladies-infectieuses-p-poignard/
D’autre part, le laboratoire dispose d’un laboratoire de sécurité biologique de niveau 3 et est un laboratoire support du Centre National de Référence des herpesviridae pour l’EBV avec une recherche clinique ayant pour objectif de mettre au point de nouveaux outils diagnostiques de l’infection. Par exemple, l’étude de la protéine ZEBRA, activée au cours du cycle lytique de l’EBV et son association avec les syndromes lymphoprolifératifs associés. En outre, des projets fondamentaux sur la neutralisation de l’EBV par les anticorps sont en cours.
Responsable : Dr Sylvie LARRAT, Pr Patrice MORAND (suppléant)
Biologistes-Virologie@chu-grenoble.fr
☎ : 04 76 76 56 04
| nom, fonction | FORMATION, discipline |
|---|---|
| Dr Sylvie Larrat, PH | Hépatites virales – Génotypage par séquençage moléculaire – séquençage nouvelle génération –Virus respiratoires et entériques – Informatique |
| Pr Patrice Morand, PU-PH | Herpesvirus – Infections opportunistes –Arboviroses – Virus émergents |
| Pr Pascal Poignard, PU-PH | Next Generation Sequencing –Immunothérapie VIH |
| Dr Anne-Karen FAURE, PH | Sérologies virales – Accident d’exposition au sang (AES) – Référente qualité |
| Dr Raphaële Germi, MCU-PH | Diagnostic moléculaire des infections virales chez l’immunodéprimé |
| Dr Julien Lupo , PHU | Sérologies virales. Transmissions virales mère-enfant |
| Dr Anne Signori –Schmuck, PH | VIH et séquençage moléculaire – HPV – Gestion de la sécurisation virologique des dons d’organe et de cellules. |
| Dr Benjamin Némoz, AHU | Diagnostic virologique des arboviroses – Virus émergents – Informatique |
| Dr Aurélie Truffot (Patt) | Dépistage, Criblage et NGS SARS-CoV-2 |
